A 1ª Igreja Presbiteriana Independente do Natal, foi organizada em 20/04/1911, onde deste então, encontra-se localizada à Rua João Pessoa, 259 - Centro - Natal/RN, estando ligada ao movimento da Reforma Protestante, ocorrido na Europa, no século XVI, que contou com a liderança de várias pessoas, dentre elas: Martinho Lutero (Alemanha), João Knox (Escócia) e João Calvino (Suiça). Os princípios fundamentais desse movimento que se espalhou pelo mundo são: "Somente a Fé! Somente a Graça! Somente a Escritura! Somente Cristo!". Dentre as obras que mais se destacam no período da Reforma, temos a "Instituição da Religião Cristã", de Calvino, mais conhecida como "As Institutas", cuja doutrina que mais se estabelece é a da Soberania de Deus, marca significativa desse ramo da Reforma.
A 1ª IPI do Natal, adotou o sistema presbiteriano de governo, o qual basea-se na forma representativa, onde os membros elegem um determinado número de pessoas (Conselho), para tomarem a maioria das decisões, por um período de tempo determinado e sempre havendo a devida prestação de contas nas reuniões Ordinárias da Assembléia, que se reune, pelo menos, uma vez por ano. Este foi o estilo desenvolvido por Calvino, em Genebra, e esta também é uma marca importante do movimento reformado, pois, a maioria das democracias modernas foram impactadas por ela.
Nesses anos de existência da 1a. Igreja Presbiteriana Independente do Natal, passaram por aqui muitos pastores, cada um deles deixando sua marca particular, mas todos tiveram o cuidado de ressaltar a importância da prática do Evangelho autêntico, cumprindo fielmente a pregação dos textos das Escrituras Sagradas, enfatizando o real significado dos Sacramentos Cristãos (Batismo e Ceia) e também a aplicabilidade da Ética Cristã.
Por decisão do Supremo Concílio da IPI do Brasil, em sua 11.ª reunião realizada em São Paulo, de 25 a 30 de janeiro de 1987, foi adotada uma nova logomarca para nossa Igreja Nacional. O desenho escolhido é de autoria de Roberto Almenara de Freitas e fruto de umlongo e cuidadoso trabalho para criar uma logomarca que identificasse a Igreja e ao mesmo tempo fosse agradável e de comunicação imediata.
Como símbolos cristãos foram selecionados alguns de grande significado, como a Bíblia, a sarça ardente, a pomba e a cruz céltica.
A Bíblia, como a Palavra de Deus, é a base da Igreja; a sarça ardente representa a vocação, o chamado à missão da Igreja; como pano de fundo a cruz céltica, tradicional símbolo presbiteriano, representando a vitória de Jesus sobre a morte; descendo sobre o conjunto, a pomba representa a descida do Espírito Santo sobre a Igreja; do corpo da pomba vislumbra-se, ainda, um formato de peixe, outro símbolo muito significativo; contornando todo o conjunto e a dizer que, criada por Cristo para ser a Sua Igreja, essa mesma Igreja, representada pelo portal gótico, traz no seu coração todo esse conjunto de símbolos, todas essas dádivas de Deus.
A cores, a logomarca traz na cruz, o azul característico do presbiterianismo, evocando a majestade de Deus - ao Seu nome, Honra e Glória! Na pomba e na Bíblia, o branco inspira a pureza do Espírito Santo e da Palavra; a chama da sarça traz o vermelho, que simboliza o sofrimento de Cristo e Seu sangue derramado; a sarça tem ainda, no lenho, o verde que inspira a vida e traz a esperança numa Igreja cada vez mais forte e voltada para sua Missão; e o amarelo-ouro que complementa o desenho, é a cor da realeza, da purificação da celebração e da vibração de uma Igreja em Missão.